خاستگاه قانونی اصلی صندوق های پژوهش و فناوری، ماده 100 قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی کشور است که در آن آمده است به منظور ایجاد زمینه مشارکت و سرمایه گذاری بخش غیردولتی و حمایت کمی و کیفی از فعالیت های پژوهشی و فناوری، بالاخص پژوهش ها و فن آوری های کاربردی توسعه ای، دولت مجاز است در تاسیس صندوق های غیردولتی مشارکت کند و موظف به تقویت صندوق های دولتی موجود می باشد و باید ترتیبی اتخاذ کند که امکان استفاده صندوق ها از یارانه تسهیلات مالی طی سالهای اجرای برنامه فراهم شود.